Bioinformatikk (BIO510)
Dette kurset gir en omfattende oversikt over anvendt bioinformatikk og programmering, som dekker ulike nøkkeltemaer. Dette inkluderer tilgang til bioinformatikkdatabaser; dataanalyse med hjelp av sekvensjusteringer og fylogenetisk analyse; primerdesign for PCR og analyse av metabolomdata. Videre vil studentene bli introdusert for markup-språk som HTML og LaTeX, og de vil lære å bruke Python-programmering for bioinformatikk.
Dette er emnebeskrivelsen for studieåret 2024-2025. Merk at det kan komme endringer.
Emnekode
BIO510
Versjon
1
Vekting (stp)
10
Semester undervisningsstart
Vår
Antall semestre
1
Vurderingssemester
Vår
Undervisningsspråk
Engelsk
Innhold
NB! Dette er et valgemne og dersom det er færre enn 10 studenter oppmeldt pr. 20. januar for vårsemesteret, kan dette medføre at emnet ikke tilbys.
Emnet omfatter følgende emner: Bruk av gen/protein/metabolitt databaser, lokal og global sekvenssammenstilling, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse, primer konstruksjon for PCR og RT-PCR (QPCR), metabolomikk data analyse, grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som FTP, HTTP og markup language (HTML, LaTeX), og innføring i Python programmering for bioinformatikk.
Læringsutbytte
Læringsmål:
- Å få en god oversikt over viktige bioinformatikkverktøy (sekvensjusteringer, konstruksjon av fylogenetiske trær, sekvensanalyseverktøy, analyse av metabolomdata)
- Å kunne bruke bioinformatikkprogramvare og databaser.
- Å skaffe grunnleggende kunnskap om internettprotokoller (FTP, HTTP) og markup-språk (HTML, LaTeX).
- Å lære primerkonstruksjon for PCR.
- Å lære grunnleggende programmering for bioinformatiske formål.
Forkunnskapskrav
Anbefalte forkunnskaper
Eksamen / vurdering
Vurderingsform | Vekting | Varighet | Karakter | Hjelpemiddel |
---|---|---|---|---|
Hjemmeoppgave | 1/1 | 2 Uker | Bokstavkarakterer |
Individuell oppgave.Det tilbys ikke kontinuasjonsmuligheter på oppgaven. Studenter som ikke består, kan ta denne neste gang emnet har ordinær undervisning.
Vilkår for å gå opp til eksamen/vurdering
Emnet inkluderer følgende obligatoriske elementer:
- To obligatoriske innleveringer og en gruppeoppgave. Godkjente oppgaver kreves for å kunne kvalifisere til skriftlig eksamen
- Det kreves 80 % oppmøte i planlagte undervisningstimer for å kunne gå opp til skriftlig eksamen.
Fagperson(er)
Emneansvarlig:
Dmitry KechasovInstituttleder:
Ingunn Westvik JolmaStudieprogramleder:
Mark van der GiezenArbeidsformer
Overlapping
Emne | Reduksjon (SP) |
---|---|
Bioinformatikk (MOT290_1) | 10 |