Bioinformatikk (BIO510)

Dette kurset gir en omfattende oversikt over anvendt bioinformatikk og programmering, som dekker ulike nøkkeltemaer. Dette inkluderer tilgang til bioinformatikkdatabaser; dataanalyse med hjelp av sekvensjusteringer og fylogenetisk analyse; primerdesign for PCR og analyse av metabolomdata. Videre vil studentene bli introdusert for markup-språk som HTML og LaTeX, og de vil lære å bruke Python-programmering for bioinformatikk.


Dette er emnebeskrivelsen for studieåret 2024-2025. Merk at det kan komme endringer.

Fakta

Emnekode

BIO510

Versjon

1

Vekting (stp)

10

Semester undervisningsstart

Vår

Antall semestre

1

Vurderingssemester

Vår

Undervisningsspråk

Engelsk

Tilbys av
Timeplan

Vis timeplan

Innhold

NB! Dette er et valgemne og dersom det er færre enn 10 studenter oppmeldt pr. 20. januar for vårsemesteret, kan dette medføre at emnet ikke tilbys.

Emnet omfatter følgende emner: Bruk av gen/protein/metabolitt databaser, lokal og global sekvenssammenstilling, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse, primer konstruksjon for PCR og RT-PCR (QPCR), metabolomikk data analyse, grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som FTP, HTTP og markup language (HTML, LaTeX), og innføring i Python programmering for bioinformatikk.

Læringsutbytte

Læringsmål:

  • Å få en god oversikt over viktige bioinformatikkverktøy (sekvensjusteringer, konstruksjon av fylogenetiske trær, sekvensanalyseverktøy, analyse av metabolomdata)
  • Å kunne bruke bioinformatikkprogramvare og databaser.
  • Å skaffe grunnleggende kunnskap om internettprotokoller (FTP, HTTP) og markup-språk (HTML, LaTeX).
  • Å lære primerkonstruksjon for PCR.
  • Å lære grunnleggende programmering for bioinformatiske formål.

Forkunnskapskrav

Ingen

Anbefalte forkunnskaper

BIO100 Cellebiologi, BIO200 Biokjemi
Grunnleggende kunnskaper i molekylærbiologi og biokjemi samt beregningsevner er fordelaktige for gjennomføring av dette emnet.

Eksamen / vurdering

Vurderingsform Vekting Varighet Karakter Hjelpemiddel
Hjemmeoppgave 1/1 2 Uker Bokstavkarakterer

Individuell oppgave.Det tilbys ikke kontinuasjonsmuligheter på oppgaven. Studenter som ikke består, kan ta denne neste gang emnet har ordinær undervisning.

Vilkår for å gå opp til eksamen/vurdering

Obligatoriske innleveringer

Emnet inkluderer følgende obligatoriske elementer:

  • To obligatoriske innleveringer og en gruppeoppgave. Godkjente oppgaver kreves for å kunne kvalifisere til skriftlig eksamen
  • Det kreves 80 % oppmøte i planlagte undervisningstimer for å kunne gå opp til skriftlig eksamen.

Fagperson(er)

Emneansvarlig:

Dmitry Kechasov

Instituttleder:

Ingunn Westvik Jolma

Studieprogramleder:

Mark van der Giezen

Arbeidsformer

2 timer forelesning og 2 timer datalab per uke.

Overlapping

Emne Reduksjon (SP)
Bioinformatikk (MOT290_1) 10

Åpent for

Om antall deltagere må begrenses, prioriteres masterstudenter på biologisk kjemi.

Emneevaluering

Det skal være en tidligdialog mellom emneansvarlig, studenttillitsvalgt og studentene. Formålet er tilbakemelding fra studentene for endringer og justering i emnet inneværende semester.I tillegg skal det gjennomføres en digital emneevaluering minimum hvert tredje år. Den har som formål å innhente studentenes erfaringer med emnet.

Litteratur

Søk etter pensumlitteratur i Leganto