Det finnes flere laboratorier innenfor fagområdet biologi og molekylærbiologi, knyttet til Det teknisk-naturvitenskapelige fakultet ved UiS. Her følger en oversikt med utstyr og fasiliteter.
Bli kjent med våre laboratorier innenfor biologi og molekylærbiologi.
Cellelaboratoriet
Cellekultur er celler som er dyrket utenfor organismen og er et viktig verktøy innen cellebiologi. Det kan benyttes for å øke vår forståelse av eksempelvis sykdomsmekanismer, celle-celle-interaksjoner og virkningsmekanismen til ulike medikamenter.
Cellelaboratoriet er fullt utstyr for dyrking av celler i kultur. Laboratoriet er inndelt i separate soner for dyrking av mammalske celler, fiskeceller og parasitter. Laboratoriet er lokalisert i nærheten av nedstrøms analyseinstrument som for eksempel flow cytometre og mikroskop.
CO2-inkubatorer
Sikkerhetsbenk
Guava Muse Cell Analyzer
Olympus CKX41 invertert mikroskop
Agilent Seahorse XFp Analyzer
Agilent Seahorse XF
Dyrking av mammalske celler, fikseceller og parasitter i kultur
Flow cytometri er en metode som benyttes til å analysere enkeltceller i en suspensjon. Ved UiS finnes flere flow cytometre samt mulighet for celle sortering. Cellene kan eksempelvis merkes med fluorescens konjugerte antistoff og/eller fluorescerende markører.
Ved bruk av hydrodynamisk fokusering passerer cellene en og en gjennom en laserstråle, og ved å måle spredning av lys og fluorescence intensitet får en data som forteller om cellenes størrelse, granularitet og relativt nivå av fluorescerende markører. Det er også mulighet for sortering av celler, da kan eksempelvis cellepopulasjoner eller enkeltceller av interesse selekteres og separeres ut for videre dyrkning eller nedstrøms analyser.
Andregenerasjons sekvenseringsmetoder, også kalt next generation sequencing (NGS), er i dag den mest brukte sekvenseringsmetoden. Det finnes flere ulike teknikker hvor sekvenseringen kan foregå parallelt og produsere tusener eller millioner av sekvenser samtidig.
Ofte vil templat-DNA bli delt i små biter som amplifiseres, og deretter vil alle disse små bitene sekvenseres i et så stort omfang, at man kan “lese” hele genomet (whole genome sequencing, WGS) eller de delene av genomet man ønsker å sekvensere (targeted sequencing, som f.eks hotspot mutasjoner i kreftforsknings/diagnose) i en gitt organisme. Tredjegenerasjons sekvensering, også kalt long-read sequencing, benyttes hovedsakelig for å sekvensere nukleotidene i lange sekvenser, uten å måtte dele templatet opp i små biter. Det finnes ulike plattformer og leverandører av andre- og tredjegenerasjons sekvenseringsmetoder. Disse skiller seg fra hverandre både med tanke på metoder, lengde av sekvenserte templater, og hvilken man benytter er avgjørende i forhold til resultatene og videre analyser man kan benytte seg av. Våre plattformer er Illumina (andregenerasjon) og Oxford Nanopore (tredjegenerasjons sekvensering).
Sebrafisk er en modellorganisme med fullstendig sekvensert genom. I tillegg har genomet konserverte regioner som muliggjør direkte sammenligning med høyere vertebrater som mennesker. Denne fisken, i alle livsstadier fra embryo til voksen, blir brukt i forsking innen mange disipliner. Det høye antallet avkom, den raske utviklingen, samt den gjennomsiktige kroppen gjør at den er den ideelle organisme å jobbe med når en jobber med problemstillinger innen utviklingsbiologi, epigenetikk og sykdomsmekanismer.
Utstyret og ressurser på sebrafisklaboratoriet inkluderer et topp-moderne gjennomstrømmingsakvarium med individuelle tanker til både oppdrett og gytende sebrafisk, og gir en mulighet til å ha transgenetiske fiskelinjer.
Et stereomikroskop med temperaturkontrollert varmeelement, og høydefinisjons kamera som kan brukes til å ta opp video, inkludert fluorescens, og en datamaskin som kan prosessere store videofiler er også tilgjengelig. En mikroinjektor er koblet til stereomikroskopet og gjør det mulig å manipulere sebrafiskembryoer (mikroRNA- og morpholinoinjeksjon) samt kjemikaliedosering for å simulere føtomaternell overføring. Til arbeid med tidlige livsstadier finnes det en temperaturkontrollert inkubator hvor en kan regulere livssyklusen. Sebrafisklaboratoriet blir benyttet innen forskning og undervisning
.jpg)
